Según el "Diccionario geográfico, histórico y estadístico de Burgos", de Pascual Madoz, Cubo de Bureba pertenece al partido judicial de Briviesca, situado en un llano bien ventilado, entre dos riachuelos, que bajan de Miraveche, y a la izquierda del río Zuñeda. En su historia destaca la vinculación de esta localidad con la antigua mansión de Vindelea donde han aparecido restos prerromanos o romanos.
Cubo de Bureba también es citado en San Millán de la Cogolla, en el año 1065 aparece como "Cupo", torre o fortificación cúbica. San Juan de Ortega realizó uno de sus puentes por lo que los vecinos de Cubo de Bureba enviaban limosnas a su monasterio. Entre los edificios del pueblo destaca la esbelta torre de la iglesia que tiene características barrocas.